Die Stadtkirche
Der mächtige, mehrfach veränderte Sakralbau mit dominierendem frühgotischem Chor aus dem 3. Viertel des 13. Jahrhunderts war ursprünglich von einem Friedhof umgeben, befindet sich in der Stadtmitte und ist der hl. Margaretha geweiht. Die Kirche war nach 1260 als große dreischiffige Stadtpfarrkirche konzipiert. Nach schweren Zerstörungen durch den ersten österreichischen Türkenkrieg 1529 und 1634 (Schwedenkrieg) wurde nur der Chorbau als Kirche verwendet. Unter Karl Fürst Pálffy errichtete man 1789/90 das gegenüber dem Chor wesentlich kleinere Langhaus. Der zweigeschossige Westturm mit steilem Spitzhelm wurde 1855 errichtet.
Der gotische Chorraum
Beim zögernden Betreten der Kirche wird der Besucher vielleicht noch nicht sehr beeindruckt sein, vermittelt doch der schmucklose und niedrige Zubau aus dem Jahre 1790 (Fürst Karl Pálffy) kaum die Faszination, wie man sie von gotischen Bauwerken gewohnt ist. Lenkt der mächtige Hochaltar aber die Schritte des Gastes weiter nach vorne, ist er von der aufstrebenden Höhe des frühgotischen Presbyteriums (Chores) mit dem zart profilierten Kreuzrippengewölbe überrascht und ergriffen. Sofort ist spürbar, welch mächtiger Sakralbau hier im 13. Jahrhundert entstehen sollte.
Der älteste gotische Teil dieser Kirche wurde durch König Ottokar 1268 gleichzeitig mit der Stadterhebung gebaut. Vermutlich stand an dieser Stelle bereits eine kleine Kirche. Wie frühgotischen Bauten üblich, ist dieser Teil hochstrebend, mit Kreuzrippengwölbe.
Dem Abschluß bilden fünf Seiten eines Ackteckes, welches das Presbyterium einschließen, durchbrochen von schmalen und hohen Spitzbogenfenstern. Beim Blick nach oben fallen die kreisförmigen Schlussssteine der Kreuzrippen auf. Sie zeigen die Hl. Margaretha, das Lamm Gottes (daneben zwei freigelegte Fresken von Petrus und Johannes), ein Blätterornament, sowie einen Kopf im Lorbeerkranz, wahrscheinlich ein Hinweis auf Ottokar, den Sieger.
Der ganze Bau ist mit viergeschossigen Strebepfeilern verstärkt.
Der Hochaltar
Dominiert wird der Chorraum heute vom barocken Hochaltar aus dem Jahre 1610. Kinder sind immer wieder verblüfft, dass dieser marmorierte und vergoldete Hochaltar aus Holz gefertigt wurde. Spätestens beid er Betrachtung der Rückseite ist zu erkennen, dass hohe Handwerkskunst sich schon vor Jahrhunderten auf Methoden und Techniken der Illusion verstanden hatte. Durch den bis an die Decke reichenden Altaraufbau hatte das Mittelfenster damit auch seine Funktion verloren (Sonnenaufgang Ostern 1268) und ist heute vermauert. Entschädigt wird man für diesen eher tristen Anblick, der dem Kirchenbesucher zumeist ja verborgen bleibt., durch den Unterbau des heutigen Hochaltares: Hier ragt der mächtige rohe Stein des ursprünglichen Altartisches hervor und versetzt den Betrachter wieder in die Zeit der Gründung zurück!
Bemerkenswert am zweigeschossigen Aufbau des Hochaltares mit reichem Knorpewerkdekor ist das Altarblatt, 1855 gemalt von Karl Wurzinger, einem Schüler Kupelwiesers. Es ersetzte damit das urprüngliche Altarbild „Erlöser am Kreuze“.
Die Kanzel
Die Kanzel wurde 1725 errichtet, mit einer seltenen Darstellung der Dreifraltigkeit: Nicht Maria, sonder der Vater hält den toten Sohn am Schoß (Gottvater-Pieta), auf der Unterseite des Schalldeckels schebt die Taube als Symbol des Hl. Geisters. Am Kanzelkorb erkennt man die geflügelten Attribute der vier Evangelisten: Löwe (Auferstehung, Markus), Adler (Himmelfahrt, Johannes), Mensch (Menschwerdung, Matthäus) und Stier (Opfertod, Lukas). Alles Zeichen, dass der Prediger nicht sein eigenes, sondern Gottes Wort aus dem Evangelium zu verkünden hat.
Der Seitenaltar
Seltener sezessionistischer Altar (es gibt nur drei dieser Art) von Hans Prutscher. 1909 errichtet von Franz Groiß anlässlich seines 25jährigen Jubiläums als Pfarrer von Marchegg. Die Statuen von Josef und Maria sowie Anna und Joachim werden von einem hohen Rosenkranz umrahmt. Die Christusstatue dürfte nicht die originale sein, sondern vom ehemaligen Herz-Jesu-Altar an dieser Stelle stammen.
Links daneben befindet sich die Gedenktafel vom 10.11.1909, während die Tafel rechts die Seligsprechung von Anton Maria Schwartz dokomentiert, der hier von 1875 bis 1879 als Kaplan überaus rege und erfolgreich tät gewesen ist (Beiname „Papst von Marchegg“).
Die Sessionsnische
Erwähnenswert auch die südseitig gelegenen Sitznischen aus der Gründungszeit, die von drei Spitzgiebeln überragt werden.Diese war für geistliche Würdenträger bestimmt, die dem Gottesdienst beiwohnten. Der Kunstwissenschafter Dr. Donin schilder sie als einer 
der schönsten im Lande. Sie ist von drei Kleeblattbogen überdeckt, deren giebelartige Sitzbogen von zwei Säulchen getragen werden, die mittleren lagern auf zwei Konsolen, die mit verschiedenen Figuren unsymmetrisch geschmückt sind.
Ähnliche, aber einfach ausgeführte Nischen sind auch beim Wienertor und Ungartor noch zu erkennen.
Das Oratorium
Da in der Schlosskapelle nur zu bestimmten Anlässen und mit besonderer Genehmigung Messen gefeiert werden durften, ließ Karl Fürst Pálffy 1790 im Zuge des Erweiterungsbaues der Kirche (niederer Teil) dieses Oratorium errichten. Dafür wurden auch vergoldete Verzierungen eines aufgelassenen Altares verwendet. Samtbezogene Kniebänke zeugen von einer behaglichen Ausstattung. Ein kleiner Ofen spendete zu Winterszeigen angenehme Wärme – ein Privileg, das nur fürstlichen Familien vorbehalten blieb.
Das Treppentürmchen
An der Nordseite befindet sich das Treppentürmchen, das einst zur Besteigung des Kapuzinertürmchens diente, in dem früher die Glocken untergebracht waren.
Jetzt gelangt man über die stark abgetretenen Stufen auf den Dachboden des gotischen Teiles des Kirchenschiffs.
Die Kirchenglocken
Bekanntlich wurden in beiden Weltkriegen auch unsere Kirchenglocken für Rüstungszwecke beschlagnahmt und eingeschmolzen. Nur die große mittelalterliche Glocke aus dem Jahr 1409 (Ton c +1/8) wurde wegen ihres historischen Wertes nicht angefordert. Sie zählt daher sicher zu den ältesten und bedeutendsten unserer Region und hing bereits im ehemaligen Kapuzinertürmchen auf dem Dach des gotischen Kirchenschiffes.
Auf der Glocke findet sich die Inschrift: O Rex Gloriae Veni Anno Pace 1300 – Oh Künig der Herrlichkeit, komme im Jahr des Friedens 1300.
Einige an der Glockek befindlichen Anfangsbuchstaben wurden wie folgt ergänzt:
m(ariae) d(ei) m(atri) e(t) j(ohanni) ev(angelistae) r(everen) d(issi) mo
(Der Muttergottes Maria und dem sehr hochverehrten Evangelisten Johannes).
Das Totentglöckchen sowie die beiden neuen Glocken aus dem Jahre 1954 ergänzen das Geläut unserer Pfarrkirche, wobei natürlichder großen, altenGlocke eine ganz besondere kunstgeschichtliche Bedeutung zukommt.
Das Kirchenkreuz
Die Kirchenkreuz stammt aus dem Jahr 1855 und wurde nach dem Bau des Kirchturmes aufgesetzt. Erst 1993 wurde es unter Pfarrer Robert Stangl erneuert.
